Semasa Sukan Malaysia di Kedah pada tahun 2006, buat pertama kalinya; Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya disatukan ke dalam kontinjen tunggal Wilayah Persekutuan dengan menggunakan bendera yang baharu.
Ciri-ciri bendera Wilayah Persekutuan menerapkan warna asas Jalur Gemilang yang melambangkan Wilayah Persekutuan adalah milik Kerajaan Persekutuan dan seluruh rakyat Malaysia.
- Warna kuning membawa maksud kedudukan yang dihormati, dimuliakan dan kedaulatan;
- Warna biru mambawa maksud perpaduan, keikhlasan, kestabilan, keharmonian dan kebenaran; dan
- Warna merah membawa maksud semangat waja, kekuatan, keberanian dan bertenaga.
- Jata Negara pula melambangkan Wilayah Persekutuan sebagai jajahan penting yang meneraju pemerintahan, pentadbiran dan pusat perniagaan negara.
- Tiga bintang di bawah Jata Negara membawa maksud tiga Wilayah Persekutuan terpenting iaitu; Kuala Lumpur, Labuan dan Putrajaya yang bernaungn dan mendokong Wilayah Persekutuan.
BENDERA : WILAYAH PERSEKUTUAN KUALA LUMPUR
- 14 jalur merah dan putih (melintang) menandakan keanggotaan 13 buah negeri di Malaysia dan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur terletak di bawah pentadbiran Kerajaan Persekutuan.
- Bulan sabit dan bintang melambangkan Agama Islam sebagai agama rasmi.
- Bintang berbucu 14 melambangkan 13 buah negeri di Malaysia dan Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur yang bertindak sebagai Pusat Kerajaan dan Pentadbiran.
- Warna biru tua di bahagian tengah melambangkan perpaduan wargakota Wilayah Persekutuan Kuala Lumpur yang berbilang kaum.
- Warna merah melambangkan keberanian, kegagahan sebuah bandaraya dalam menghadapi cabaran ke arah pembangunan bandaraya kosmopolitan yang dinamik dan berprogresif.
- Warna kuning melambangkan kedaulatan dan kemakmuran Kuala Lumpur.
- Warna putih melambangkan keluhuran, kebersihan dan keindahan bandaraya dalam taman bercahaya.
- Merah melambangkan keberanian bermakna Pulau Labuan adalah menjadi Wilayah Persekutuan di dalam Persekutuan Malaysia.
- Putih melambangkan kesucian, keikhlasan dan kesungguhan dalam mempertingkatkan katahanan rakyat yang beradab, berkebudayaan dan berkeperibadian Malaysia.
- Biru melambangkan perpaduan rakyat berbilang kaum, hidup bersatu, aman makmur hormati serta berusaha untuk memajukan pembangunan ekonomi yang berasaskan sains dan teknologi.
- Kuning melambangkan kedaulatan Raja Berperlembagaan serta mendokong dan menghormati lunas-lunas perlembagaan dan falsafah Rukun Negara.
- Bulan bintang berwarna kuning yang menjadi lambang keIslaman dan Kedaulatan Raja Berperlembagaan yang terletak di tengah-tengah dan mencakupi ketiga-tiga jalur merah, putih dan biru menampakkan kestabilan dan kekuatan di dalam menyatukan lambang-lambang keberanian, kesucian dan perpaduan.
BENDERA : WILAYAH PERSEKUTUAN PUTRAJAYA
Logo Persekutuan melambangkan Wilayah Persekutuan Putrajaya menjadi tonggak pentadbiran negara yang baru dengan kekuatan dan semangat yang utuh dalam mengharungi era globalisasi dan matlamat menjadikan Malaysia sebuah negara maju.